Двадцять чотири роки політичної та релігійної свободи в Україні надали величезні можливості для розповсюдження Євангелія, і багато хто з тих, хто відчував духовну спрагу, пізнали Христа Своїм Господом і Спасителем. Нині віруючі потребують духовної їжі, учнівства та навчання. На жаль, після 70 років відсутності формальної богословської освіти Україна, як і інші пострадянські країни, переживає нестачу освічених пасторів та служителів громад.
Київська богословська семінарія була заснована в 1995 році з ініціативи Всеукраїнського союзу євангельських християн-баптистів та завдяки баченню ректора семінарії Анатолія Прокопчука. Метою стало створення навчального закладу, який забезпечував би ґрунтовну богословську підготовку служителів на ниві Божій. Стара напівзруйнована будівля без вікон, дверей, опалення – так виглядала семінарія спочатку. Однак рука Божа вирізнялася в усьому: забезпеченні та першому наборі студентів, кількість яких втричі перевищувала очікування. Перші заняття розпочалися в 1996 році за навчальною програмою «Магістр богослов’я» (Th.M.). В 2000 році навчальний план було змінено для того, щоб він відповідав західним стандартам освіти рівня бакалавра, при цьому була збережена відданість високим академічним нормам та практичному служінню. При Київській богословській семінарії в 2006 році була відкрита філія Талботської школи богослов'я (Університет Байола, США) з акредитованою Асоціацією богословських шкіл магістерською програмою, яка пропонує вищу богословську підготовку християн як з України, так й інших країн.
За двадцять років з моменту заснування семінарії 450 студентів стали випускниками різноманітних програм підготовки за богословським напрямом. Сотні християн мали змогу відвідати освітні заходи та отримати спеціалізовану практичну підготовку в семінарії. Випускники закладу звершують пасторське, вчительське, молодіжне, місіонерське служіння не тільки на теренах України, але й далеко за її межами.
Завдяки високим академічним стандартам навчальних програм КБС студенти мають змогу продовжувати свою освіту в богословських навчальних закладах України, Європи та США. Через навчання в семінарії Господь покликав багатьох студентів до участі в заснуванні церков, і за Божого сприяння в їхньому служінні було засновано більше 120 церков.
За період 1996-2018 рр. в семінарії з’явилась бібліотека, що нараховує близько 30 000 видань, що надає викладачам та студентам можливість використовувати ці ресурси для вивчення Писання та дослідження нових шляхів служіння церкви та її активної участі в сучасному суспільстві.
Київська богословська семінарія продовжує забезпечувати євангельських християн освітою, яка надає біблійні відповіді викликам сучасності.